どうしたら良かったのか…？

恥ずかしい気持ちはわかりますが、別にどの店員さんでも関係ないので堂々と聞いてください。

男性だからってなんで気を遣わなきゃいけないのですか。
（ネットの方が送料込みで安いならそちらを選びますが・・・）

別に主さんは変な事してる訳でもないでしょう？
しいて言うなら、先手打って男性店員に「そこのコンドームの◯サイズ探してるんですけど」と明確に言っておくといいですよ。

それだけ言っても若い子にさせるならそれは店の接客の問題なので、どちらにしても気にする事はありません。

ドラッグストアなんて色んな物置いてるんですから、男性だけが気にして購入を控える事ありませんよ。